Anche se sembra impossibile da ottenere davvero, Equitalia è tenuta a rifondere il contribuente che abbia pagato più di quanto dovuto, perché in questo caso il creditore che ha riscosso tramite Equitalia deve effettuare un rimborso tramite la stessa struttura grazia a cui ha incassato il credito. Di contro, il contribuente può rimediare tramite adempimento spontaneo a un pagamento erroneo che sia inferiore a quello effettivamente da corrispondere.

Equitalia deve inviare notifica di rimborso a chi abbia pagato più del dovuto, purché il pagamento in eccesso rispetto al dovuto sia di importo superiore a 50 euro, Equitalia notifica una comunicazione di rimborso. A questo punto si avranno a disposizione 3 mesi per recarsi allo sportello indicato e scegliere se ritirare le somme o chiedere che il rimborso sia fatto tramite un bonifico. Scaduti i 3 mesi, Equitalia è tenuta a restituire il rimborso all'ente che lo ha autorizzato e il contribuente, che continua ad avere diritto al rimborso, dovrà rivolgersi direttamente all'ente creditore.

In caso di rimborso di tributo annullato in toto o in parte si riceve un invito di Equitalia a ritirare il rimborso stesso allo sportello o a comunicare le coordinate bancarie per riceverlo tramite bonifico. Ci sono però enti che prevedono altre modalità per ottenere il rimborso.

Equitalia può essere saldata tramite ’compensazioni per crediti di imposta’ nel caso di cartelle relative a imposte erariali. In base al decreto legge 78/2010 (e al successivo decreto attuativo del ministero di Economia e Finanze del 10 febbraio 2011), le imposte erariali e i relativi oneri accessori - (compresi aggio e spese dovute a Equitalia) possono essere pagate, anche parzialmente, utilizzando appunto in compensazione crediti erariali come, ad esempio, crediti Irpef, Ires, Iva. Per farlo, si deve utilizzare il modello 'F24 accise', codice tributo RUOL e se il pagamento riguarda solo parte delle somme dovute, si può presentare a Equitalia specifico modulo con cui si dichiara l'avvenuto pagamento in compensazione tramite 'F24 accise', indicando a quali cartelle attribuire il pagamento. In questo caso, la scelta dei debiti da compensare va effettuata entro 3 giorni dal conferimento della delega di pagamento se si presenta il modello 'F24 accise' tramite banche, poste ed Entratel oppure, contestualmente, se si presenta il modello 'F24 accise' agli sportelli di Equitalia.